Второй период относится к эпохе неолита и начинается примерно с 4-го тысячелетия до н. э. В долинах (как свидетельствуют росписи) появляются новые поселенцы, отличающиеся от коренных жителей Сахары. На фресках изображены люди и огромные стада рогатого скота. Начинается «период скотоводства», для которого, бесспорно, должны были существовать только определенные климатические условия, прежде всего вода и сочная растительность.

Около 1200 г. до н. э. наступает новый период — «период лошадей», и лишь за несколько десятилетий до нашей эры начинается «период верблюда». Климат Сахары к этому времени уже изменился, и Сахара стала превращаться в пустыню.

Изображенные на самых древних фресках травоядные и плотоя­дные животные могли водиться только там, где выпадают обильные дожди, а земля покрыта густой растительностью. В последний до­ждливый период неолита климат Сахары, по-видимому, напоминал климат района нынешних саудовских саванн. В это время характер­ными для Сахары были обширные зеленеющие равнины, лесистые до­лины, где водились жирафы, буйволы, слоны, страусы, антилопы. В водоемах, наполненных круглый год водой, жили бегемоты, кроко­дилы.